當甲狀腺內的結節因生長速度過快，而令局部區域的結節出現血液供應不足而細胞萎縮的情況，就會形成甲狀腺水囊。大部分水囊都是良性的。

甲狀腺內佈滿微絲血管，當水囊表面的微絲血管出現流血，血液會流入水囊之中，令水囊突然變大和產生疼痛，這個情況稱之為出血性水囊，病人會感到甲狀腺位置突然疼痛及腫脹。大部分出血性水囊都會在三至四星期内明顯變小。

經過床觸診後，醫生一般會建議病人進行甲狀腺超聲波檢查，來分辨甲狀腺水囊或其他甲狀腺狀況如甲狀腺結節或癌症等。同時，醫生可以以超聲波導引進行甲狀腺水囊幼針穿刺，以抽取水囊內的細胞作病理化驗，分辨甲狀腺細胞的性質。

良性及細小的甲狀腺水囊可以觀察處理。每隔半年至一年的甲狀腺超聲波可以觀察甲狀腺水囊有否不正常的變化。如果甲狀腺水囊在超聲波檢查之下有明顯的大小或影像變化，醫生可能會再安排超聲波導引幼針穿刺抽取細胞作化驗。

如果甲狀腺水囊的病況反復，醫生可以安排病人在超聲波導引下，用針筒抽取水囊中的液體，再注入100%濃度酒精。 這種方法有90%以上的成功率將囊腫體積減少70-90%。

如果囊腫並沒減退至理想程度或覆發，患者可以考慮再次注射酒精或接受甲狀腺切除手術。